Der Magnoliengarten wurde im Juni 2006 eröffnet und ist das Bindeglied zwischen dem Japanischen und dem Botanischen Garten. Auf einem Areal von 1500 qm sind 33 Magnolienarten, die von März bis Juli blühen, zu sehen. Magnolien sind mit einer der ältesten Blütenpflanzen der Erde, die bis zur Eiszeit auch in Europa heimisch waren und heute ihre Heimat in Ostasien und Amerika haben.