Ab 1745 studierte er Theologie in Jena und Leipzig. Nach Abbruch seines Studiums wurde er in den Jahren 1748 - 1750 Hauslehrer der beiden Söhne vom Bürgermeister Johann Christian Weiß in Langensalza. Neben seiner Lehrtätigkeit galt Klopstocks Neigung stets der Dichtkunst.

Aus Liebe zu seiner Cousine "Fanny", welche ihn aber nicht erhörte, schrieb Klopstock die berühmten Fanny-Oden. 1748 führte er die Arbeiten an seinem "Messias" fort, welcher eines seiner Hauptwerke darstellt und Klopstocks Ruhm als Dichter und Wegbereiter der deutschen Klassik begründete. Er starb 1803 in Hamburg.